《国家税务总局关于印发〈征收个人所得税若干问题的规定〉的通知》（国税发〔1994〕89号）第四条第一款规定，个人每次以图书、报刊方式出版、发表同一作品，不论出版单位是预付还是分笔支付稿酬，或者加印该作品后再付稿酬，均应合并其稿酬所得按一次计征个人所得税。因此，该工程师应合并其稿酬所得，按一次所得计征个人所得税。

稿酬所得，每次收入不超过4000元的，减除费用800元；每次收入在4000元以上的，减除20%的费用，其余额为应纳税所得额。适用税率为20%，并按应纳税额减征30%。

因此，该工程师实际应缴纳的个人所得税税额＝（90000＋40000）×（1－20%）×20%×（1－30%）＝14560元。出版社在向工程师支付所得时，应承担代扣代缴义务。假设出版社在2017年1月支付稿酬9万元时，已经代扣代缴个人所得税90000×（1－20%）×20%×（1－30%）＝10080万元，则2017年11月加印支付所得4万元时，需要再次扣缴个人所得税=14560-10080=4480元。

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