一、结论

需要缴纳土地增值税

二、分析

根据《关于未办理土地使用权证转让土地有关税收问题的批复》（国税函[2007]第645号）的规定：土地使用者转让、抵押或置换土地，无论其是否取得了该土地的使用权属证书，无论其在转让、抵押或置换土地过程中是否与对方当事人办理了土地使用权属证书变更登记手续，只要土地使用者占有、享有、使用、收益或处分该土地的权利，且有合同等证据表明其实质转让、抵押或置换了土地并取得了相应的经济利益，土地使用者及其对方当事人应当依照税法规定缴纳营业税、土地增值税和契税等相关税收。

所以，你公司转让土地使用权给对方公司，即使没有办理土地使用证的变更，但已有合同表明了实质转让，也应当缴纳土地增值税。

三、政策依据

国税函[2007]第645号《关于未办理土地使用权证转让土地有关税收问题的批复》

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