一、结论

该公司按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣。

二、政策依据

《国家税务总局关于纳税人资产重组增值税留抵税额处理有关问题的公告》（国家税务总局公告2012年第55号）规定：“一、增值税一般纳税人(以下称‘原纳税人’)在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人(以下称‘新纳税人’)，并按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣。

三、分析

根据您的描述，两家子公司合并重组为新公司，属于在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给新纳税人的行为，因此，根据上述规定，子公司按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣。

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