40号公告发布后，一些地方税务机关和企业反映，由于40号公告中规定，对企业用搬迁补偿收入购置新资产，不得从搬迁补偿收入中扣除，对政府主导的政策性搬迁，原本搬迁补偿就很拮据，如果购置资产不允许扣除，这将导致企业资金紧张，影响企业搬迁进度。因此，希望对40号公告前已经确定的政策性搬迁项目，仍然允许扣除购置资产后，再计算搬迁收益。
    根据各地反映的情况，新公告就40号公告前已经确定的政策性搬迁项目做了政策调整，规定企业政策性搬迁项目凡在国家税务总局2012年第40号公告生效前已经签订搬迁协议的，企业重建或恢复生产过程中按规定购置的各类资产，可以作为搬迁支出，从搬迁收入中扣除。但购置的各类资产，应剔除该搬迁补偿收入后，作为该资产的计税基数，并按规定计算折旧或费用摊销。此后签订搬迁协议应按国家税务总局2012年第40号公告有关规定执行。

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