一、结论

你公司应与业主签定补充协议明确车主享有的车位使用权，人防车位的成本土地增值税清算不得扣除，发票开具建议与备案一致。

二、分析

你公司应与业主签定补充协议明确车主享有的车位使用权，并且约定车位售价6万，但包含在房款中已经支付不再单独收取。地下车位需要分基础设施车位还是人防设施车位，人防车位无产权，不确认土地增值税的收入，对应的车位成本土地增值税清算也不得扣除。发票的开具建议与备案合同一致。

三、政策依据

《中华人民共和国土地增值税暂行条例》、参考关于修订《山东省地方税务局土地增值税“三控一促”管理办法》的公告（山东省地方税务局公告2017年第5号）第十七条房地产开发企业处置利用地下人防设施建造的车库（位）等设施取得的收入，不预征土地增值税。第十八条房地产开发企业处置非地下人防设施建造的车库（位）等设施取得的收入，凡房地产开发企业与业主签订销售合同（或协议等）并转让产权的，应当预征土地增值税。

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