允许。

例：甲企业2018年7月期末留抵税额为150万元，经申请，实际退还期末留抵税额100万元，退税后重新计算的7月期末留抵为50万元。假设2018年8月应纳税额=销项税额-进项税额-上期留抵50=200万元，如果未退税，原应纳税额=销项税额-进项税额-上期留抵150=100万。因此，如果不允许从城建税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额，将多交（200-100）*12%=12万。

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