一、结论

该自然人要缴纳个人所得税和房产税，免征增值税及其附加等、印花税和城镇土地使用税。

二、分析

（一）免征增值税。

1. 按国家税务总局公告2016年第23号规定，该自然人出租不动产一次性预收租金36万元，按租金对应租期分摊为月租金3万元，可享受小微企业免征增值税优惠政策。

2. 按财税[2017]76号和国家税务总局公告2017年第52号的规定，销售服务、无形资产月销售额不超过3万元（按季纳税9万元）的，自2018年1月1日起至2020年12月31日，可享受小微企业暂免征收增值税优惠政策。

（二）免征教育费附加、地方教育附加、水利建设基金。

计税依据比照增值税处理，分摊到月为3万元。按财税[2016]12号规定，免征教育费附加、地方教育附加、水利建设基金。

（三）免征印花税、城镇土地使用税。

按财税〔2008〕24号规定，对个人出租、承租住房签订的租赁合同，免征印花税。对个人出租住房，不区分用途，免征城镇土地使用税。

（四）应缴纳房产税1.44万元。

因免征增值税，按财税〔2008〕24号规定的税率，应纳房产税1.44万元（36*4%）。

（五）应缴纳个人所得税。

按《中华人民共和国个人所得税法》（根据2018年8月31日第十三届全国人民代表大会常务委员会第五次会议《关于修改〈中华人民共和国个人所得税法〉的决定》第七次修正）第六条第四款规定，财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元；四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。适用财税〔2008〕24号规定的税率，不考虑其他税费扣除，应缴纳个人所得税2.88万元[36*（1-20%）*10%]。

目前对财产租赁计征个人所得税的政策，可扣除财产租赁过程中缴纳的税费以及由纳税人负担的租赁财产实际开支的修缮费用。如果不能准确提供上述费用票据的，税务机关有的是按租金收入核定应纳税所得额计征个人所得税，以当地现行做法为准。

（六）征管实务问题。

1. 代开增值税发票。如果该自然人放弃免征增值税，可以向不动产所在地主管税务机关开具增值税专用发票，并在代开增值税专用发票时缴纳增值税、房产税和个人所得税，仍免征教育费附加、地方教育附加、水利建设基金和印花税。如果享受免征增值税，可以向不动产所在地主管税务机关开具增值税普通发票，并在代开发票时缴纳房产税和个人所得税。

2. 个人所得税扣缴问题。个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人，当然该自然人也可以在代开发票时缴纳。如果未代开发票而未纳税，支付所得的单位应履行个人所得税代扣代缴义务。

3. 住房及其用途问题。在财税〔2008〕24号规定中，对房产税和城镇土地使用税明确不区分用途，只要出租的是住房，就适用该规定。在国家税务总局公告2016年第23号、财税[2017]76号和国家税务总局公告2017年第52号中，对增值税明确的是不动产、销售服务，涵盖住房及住房出租服务。在财税〔2008〕24号规定中，对个人所得税明确的是个人出租住房，改造成办公室不能改变住房的商品实质，且法无明确的不得适用不利于纳税人的规定，应适用减按10%税率。采取核定征收个人所得税的，应按10%来推算。

三、政策依据

1. 《国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点有关税收征收管理事项的公告》（国家税务总局公告2016年第23号）第六条第四款规定，其他个人采取预收款形式出租不动产，取得的预收租金收入，可在预收款对应的租赁期内平均分摊，分摊后的月租金收入不超过3万元的，可享受小微企业免征增值税优惠政策。

2. 《财政部 税务总局关于延续小微企业增值税政策的通知》（财税[2017]76号）规定，为支持小微企业发展，自2018年1月1日至2020年12月31日，继续对月销售额2万元（含本数）至3万元的增值税小规模纳税人，免征增值税。

3. 《国家税务总局关于小微企业免征增值税有关问题的公告》（国家税务总局公告2017年第52号）规定，增值税小规模纳税人应分别核算销售货物或者加工、修理修配劳务的销售额和销售服务、无形资产的销售额。增值税小规模纳税人销售货物或者加工、修理修配劳务月销售额不超过3万元（按季纳税9万元），销售服务、无形资产月销售额不超过3万元（按季纳税9万元）的，自2018年1月1日起至2020年12月31日，可分别享受小微企业暂免征收增值税优惠政策。

4. 《财政部 国家税务总局关于扩大有关政府性基金免征范围的通知》（财税[2016]12号）规定，自2016年2月1日起，将免征教育费附加、地方教育附加、水利建设基金的范围，由现行按月纳税的月销售额或营业额不超过3万元（按季度纳税的季度销售额或营业额不超过9万元）的缴纳义务人，扩大到按月纳税的月销售额或营业额不超过10万元（按季度纳税的季度销售额或营业额不超过30万元）的缴纳义务人。

5. 《财政部 国家税务总局关于营改增后契税 房产税 土地增值税 个人所得税计税依据问题的通知》（财税[2016]43号）第二条规定，房产出租的，计征房产税的租金收入不含增值税。第四条规定，个人转让房屋的个人所得税应税收入不含增值税，其取得房屋时所支付价款中包含的增值税计入财产原值，计算转让所得时可扣除的税费不包括本次转让缴纳的增值税。第五条规定，免征增值税的，确定计税依据时，成交价格、租金收入、转让房地产取得的收入不扣减增值税额。第六条规定，在计征上述税种时，税务机关核定的计税价格或收入不含增值税。

6. 《财政部、国家税务总局关于廉租住房、经济适用住房和住房租赁有关税收政策的通知》（财税〔2008〕24号）规定，（一）对个人出租住房取得的所得减按10％的税率征收个人所得税。（二）对个人出租、承租住房签订的租赁合同，免征印花税。（三）对个人出租住房，不区分用途，按4％的税率征收房产税，免征城镇土地使用税。

7. 《国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点有关税收征收管理事项的公告》（国家税务总局公告2016年第23号）第四条第六款规定，个人出租住房适用优惠政策减按1.5%征收，纳税人自行开具或者税务机关代开增值税发票时，通过新系统中征收率减按1.5%征收开票功能，录入含税销售额，系统自动计算税额和不含税金额，发票开具不应与其他应税行为混开。

8. 《国家税务总局关于营业税改征增值税委托地税局代征税款和代开增值税发票的通知》（税总函〔2016〕145号）规定，增值税小规模纳税人销售其取得的不动产以及其他个人出租不动产，购买方或承租方不属于其他个人的，纳税人缴纳增值税后可以申请代开增值税专用发票。不能自开增值税普通发票的小规模纳税人销售其取得的不动产，以及其他个人出租不动产，可以申请代开增值税普通发票。

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