1.目前红字增值税专用发票开具，采取销货方或者购货方在系统中申请开具，系统后台自动校验，如果购货方已经抵扣，系统校验后就不会允许你公司作为销货方开具红字增值税专用发票。所以对“万一对方抵扣了又没有做进项税转出，自身的涉税风险”，你不必担心，系统是锁死，不允许开具红字专票的。

2.实务中，在开票系统中申请《开具红字增值税专用发票信息表》要么由销货方操作，要么由购货方操作。你只需要把握一个原则，专票的发票联、抵扣联在哪一方手中，就由哪一方申请《开具红字增值税专用发票信息表》。然后系统后台校验通过后，销货方就可以自行开具红字专票了。

3.具体在你的问题中，发票联、抵扣联在购货方手中，应由他在开票系统中申请，系统后台校验通过后，同步到你的开票软件中，你就可以开具红字专票了。

【注意】国家税务总局公告2016年第47号《关于红字增值税发票开具有关问题的公告》，是目前针对红字增值税发票开具唯一现行有效的规定。

【相关依据】

国家税务总局公告2016年第47号

《关于红字增值税发票开具有关问题的公告》

一、增值税一般纳税人开具增值税专用发票（以下简称“专用发票”）后，发生销货退回、开票有误、应税服务中止等情形但不符合发票作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，需要开具红字专用发票的，按以下方法处理：

（一）购买方取得专用发票已用于申报抵扣的，购买方可在增值税发票管理新系统（以下简称“新系统”）中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》（以下简称《信息表》，详见附件），在填开《信息表》时不填写相对应的蓝字专用发票信息，应暂依《信息表》所列增值税税额从当期进项税额中转出，待取得销售方开具的红字专用发票后，与《信息表》一并作为记账凭证。

购买方取得专用发票未用于申报抵扣、但发票联或抵扣联无法退回的，购买方填开《信息表》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。

销售方开具专用发票尚未交付购买方，以及购买方未用于申报抵扣并将发票联及抵扣联退回的，销售方可在新系统中填开并上传《信息表》。销售方填开《信息表》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。

（二）主管税务机关通过网络接收纳税人上传的《信息表》，系统自动校验通过后，生成带有“红字发票信息表编号”的《信息表》，并将信息同步至纳税人端系统中。

（三）销售方凭税务机关系统校验通过的《信息表》开具红字专用发票，在新系统中以销项负数开具。红字专用发票应与《信息表》一一对应。

（  转载需务必标明来源：税台网 一明    税台答疑仅供参考，纳税人以此操作，结果自负，税台网不承担任何责任）