税务机关的做法不合理。

《国家税务总局关于税务行政审批制度改革若干问题的意见》（税总发〔2014〕107号）第十一条“各级税务机关应当严格区分行政审批和备案管理方式，不得以事前核准性备案方式变相实施审批。实施备案管理的事项，纳税人等行政相对人应当按照规定向税务机关报送备案材料，税务机关应当将其作为加强后续管理的资料，但不得以纳税人等行政相对人没有按照规定备案为由，剥夺或者限制其依法享有的权利、获得的利益、取得的资格或者可以从事的活动。纳税人等行政相对人未按照规定履行备案手续的，税务机关应当依法进行处理。”

根据上述规定，税务机关不能以纳税人等行政相对人没有按照规定备案为由，剥夺或者限制其依法享有的权利、获得的利益、取得的资格或者可以从事的活动。

建议：建议你公司积极与主管税务机关进行沟通协调，按规定享受15%的企业所得税优惠税率。并接受税务机关根据未按照规定履行备案手续应当依法进行处理的规定而给予的处理决定。   

（  转载需务必标明 来源：税台网 刘海湘    税台答疑仅供参考，纳税人以此操作，结果自负，税台网不承担任何责任）