一、结论

由B公司代扣代缴。

二、分析

根据《财政部国家税务总局关于完善股权激励和技术入股有关所得税政策的通知》（财税[2016]101号）规定：“五、配套管理措施

（二）企业实施股权激励或个人以技术成果投资入股，以实施股权激励或取得技术成果的企业为个人所得税扣缴义务人。递延纳税期间，扣缴义务人应在每个纳税年度终了后向主管税务机关报告递延纳税有关情况。”

因此A个人转让股权收入应该由由B公司代扣代缴。

三、建议

若A个人转让B公司股权时，既有递延纳税部分，又有非递延纳税部分，则递延纳税部分由B公司代扣代缴，非递延纳税部分由C公司代扣代缴，这是实务中非常容易混淆的概念，务必要分清。

四、税法依据

1、《财政部国家税务总局关于完善股权激励和技术入股有关所得税政策的通知》（财税[2016]101号）规定：“五、配套管理措施

（二）企业实施股权激励或个人以技术成果投资入股，以实施股权激励或取得技术成果的企业为个人所得税扣缴义务人。递延纳税期间，扣缴义务人应在每个纳税年度终了后向主管税务机关报告递延纳税有关情况。”

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