答：根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）规定：“一、关于土地增值税清算时收入确认的问题

土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入；未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。”

因此，房地产开发企业进行土地增值税清算后，产生面积差的补、退款，可填报《土地增值税纳税申报表（二）》进行更正申报，并对应申请退税或补税。