一、结论

你们双方在合同中约定的开票事宜，不符合税法规定，属于合同部分条款无效。A应当按照规定时点就部分销售额开具17%税率发票，部分销售额开具16%税率发票，而不是全额按照17% 开票。在4月20日收到款项后，开具17%税率增值税发票，6月25日收到款项后，开具16%税率增值税发票，7月19日A就剩余2万元开具16%税率增值税发票。A按照全额给你公司开具16%的增值税专用发票，你公司属于取得不符合规定的发票，全部不能抵扣进项税额。如果A按照规定税率给你公司补开发票，仍然有18万元属于不符合规定的发票，不得抵扣进项税额。

二、分析

1.合同中约定的开具发票时间不符合税法规定的，属于无效条款。合同中“测试完成正式运行之日A开具结算单，并按照17%税率开具全额增值税专用发票20万元”无效，因为该条款与现行有关增值税纳税义务发生时间及发票管理的有关规定不符。何时开具发票，开具什么税率发票，不是由合同约定的，是由经济业务内容所产生的纳税义务发生时间以及税法确定的税率所规定的。根据现行有关增值税纳税义务发生时间及发票管理的有关规定，发生应税销售行为，收取销售款或取得索取销货款凭据的当天，即产生增值税纳税义务。取得索取销货款凭据的当天，是指书面合同约定的付款日期当天；未签订书面合同的或者书面合同未确定付款日期的，指应税销售行为完成的当天。纳税人应当在增值税纳税义务发生的时候及时确认增值税应税收入并同时开具发票。A在4月20日收到款项后，应当确认销售额12万元，同时开具17%税率增值税发票给你公司。5月1日起，税率变为16%，6月25日收到款项后，应当确认销售额6万元，同时开具16%税率增值税发票给你公司，7月19日，合同约定的收款日期，无论你公司是否支付剩余的2万元，A都应当给你公司开具结算单，确认销售额2万元，同时开具16%税率增值税发票给你公司。

2.A没有按照纳税义务发生时间确认收入进行纳税申报，没有及时给你公司开具发票，其行为违法了《税收征管法》、《发票管理办法》的有关规定，主管税务机关应当按照规定对其滞后申报纳税、应开具而未开具发票行为进行处理处罚。而依据有关规定，5月1日以后发生税率变动的，纳税人有未开具发票的，纳税人可以按照原税率补开发票，而且在新修订的增值税纳税申报表中专门规定了同时有原税率与新税率的报表填写方法。所以，主管税务机关应允许A给你公司按照不同税率补开发票，作为企业所得税税前扣除凭据。

3.A按照全额给你公司开具16%的增值税专用发票，你公司属于取得不符合规定的发票，全部不能抵扣进项税额。A按照规定税率给你公司补开发票，仍然有18万元属于不符合规定的发票，不得抵扣进项税额。所以，建议你公司只就A在7月19日开具的发票抵扣进项税额，其余的不要抵扣进项税额。

三、政策依据

1.《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》

第三条 纳税人应当依照税收法律、行政法规的规定履行纳税义务;其签订的合同、协议等与税收法律、行政法规相抵触的，一律无效。

2. 《增值税暂行条例》

第九条 纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产，取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。

第十九条 增值税纳税义务发生时间：（一）发生应税销售行为，为收讫销售款项或者取得索取销售款项凭据的当天；先开具发票的，为开具发票的当天

3.《中华人民共和国发票管理办法》

第十九条 销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票；特殊情况下，由付款方向收款方开具发票。

第二十条 所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项，应当向收款方取得发票。取得发票时，不得要求变更品名和金额。

第二十一条 不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。

第三十五条 违反本办法的规定，有下列情形之一的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；有违法所得的予以没收：（一）应当开具而未开具发票，或者未按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性开具发票，或者未加盖发票专用章的；

4. 国家税务总局关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知（国税发〔2006〕156号）

第十一条 专用发票应按下列要求开具：（四）按照增值税纳税义务的发生时间开具。对不符合上列要求的专用发票，购买方有权拒收。

5. 《国家税务总局关于统一小规模纳税人标准等若干增值税问题的公告》（国家税务总局公告2018年第18号 ）

第九条 一般纳税人在增值税税率调整前未开具增值税发票的增值税应税销售行为，需要补开增值税发票的，应当按照原适用税率补开。增值税发票税控开票软件税率栏次默认显示调整后税率，一般纳税人发生上述行为可以手工选择原适用税率开具增值税发票。

6.《国家税务总局关于调整增值税纳税申报有关事项的公告》（ 国家税务总局公告2018年第17号）

一、 本公告施行后，纳税人申报适用17%、11%的原增值税税率应税项目时，按照申报表调整前后的对应关系，分别填写相关栏次。

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