一、结论

你公司应当于发现被盗、丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废。对于已开具的专用发票可在新系统中填开并上传《信息表》，填开《信息表》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。

二、分析

专用发票第三联是发票联，是购买方记账凭证。发票作废必须符合，当月发现，并且收回全部联次发票（购货方没有认证抵扣），你公司丢失了第三联，联次不全，因此无法作废，只能开红字发票。根据《国家税务总局关于红字增值税发票开具有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第47号）你公司可在新系统中填开并上传《信息表》，填开《信息表》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。

对于发票丢失，《发票管理办法实施细则》第三十一条规定：“使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废。”《关于被盗、丢失增值税专用发票有关问题的公告》(国家税务总局公告2016年第50号)明确，决定取消纳税人的增值税专用发票发生被盗、丢失时必须统一在《中国税务报》上刊登“遗失声明”的规定。因此，发生发票被盗、丢失情形时，使用发票的单位和个人应当于发现被盗、丢失当日书面报告税务机关，并登报（不限定中国税务报）声明作废。

三、文件依据

《发票管理办法实施细则》、《国家税务总局关于红字增值税发票开具有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第47号）、《关于被盗、丢失增值税专用发票有关问题的公告》(国家税务总局公告2016年第50号)。

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